エンディング（全6種）
トロフィーに影響するのは4種
準備
メイン「索敵と殲滅」でタケムラを救出し、メイン最終「夜想曲第15番OP.15-1」まで進めた状態かつ仲間クエスト「ローグ」「パナム」をクリアした状態のセーブデータを作っておくと、全てのエンディングルートに行けます。
- メイン終盤「索敵と殲滅※2」でタケムラを救出する（取りこぼし注意）
- メイン最終「夜想曲第15番OP.15-1」まで進める（クリア後ここからまた始まる）
- ミスティと屋上に行ったあと、ジョニーとの会話がエンディング分岐の起点になる
※基本的にキーとなる選択以外は自由に選んで構わない
※2 「索敵と殲滅」タケムラを救出方法
- マンションに向かう
- ドアを4回ノック（4回以外選択でゲームオーバー）
- 会話イベント
- ドアを確認
- 建物を出る（以下タケムラ生存ルート）
- 保険セーブ
- まっすぐ行くと十字架の部屋に出る。左に折れ敵に注意し進んでいく
- 階段で3階にいく。するとタケムラを助けに行く（任意）のジャーナルが追加される
- 奥の部屋にいる敵を殲滅し、タケムラを救出
- 部屋から出て右に進み部屋へ（800号室）
- 部屋（800号室）の穴から下へ
- 階段を下りて脱出
🏆「悪魔」
前提条件： 「索敵と殲滅」でタケムラを救出しておく必要があります
- ミスティと屋上に行ったあと、ジョニーとの会話で「リスキーだがアラサカの話に賭けてみる」選択
- 続くジョニーとの屋上の会話で「遮断薬を飲む：ああ。怒るなよ」
タケムラを救出していない場合、悪魔ルートにはいけますがトロフィーは解除されないので注意。
🏆「星」
前提条件：パナムの一連の仲間クエストをクリアすると会話の選択が出ます
- ミスティと屋上に行ったあと、ジョニーとの会話で「電話する：パナム」選択
- 続くジョニーと会話で「パナムに協力を頼む」選択
- 続くジョニーと会話で「遮断薬を飲む：ああ。ノーマッドと一緒にやる」
- ラストのサイバー空間で「わずかでも残された時間を生きたい」「泉に入り：自分の肉体に戻る」
🏆「太陽」
前提条件：ローグの一連の仲間クエストとジョニーの「銀腕の男」をクリアすると会話に選択が出ます
- ミスティと屋上に行ったあと、ジョニーとの会話で「お前とローグに任せる」選択
- 続くジョニーと会話で「疑似エンドトライジングを飲む」あとは任せたぞジョニーを選択
- ラストのサイバー空間で「俺がオルトと行く。お前は生きろ」「橋を渡り：永遠にサイバー空間に留まる」
🏆「節制」
- 星・太陽ルートどちらかで進めラストのサイバー空間まで進める。
- 星で進めた場合「橋を渡り：永遠にサイバー空間に留まる」を選択。太陽で進めた場合「泉に入り：自分の肉体に戻る」選択
例：星エンドで進めた場合、まず星エンドのトロフィーを取得するために星エンドのチャートに従ってクリアします。星トロフィー取得後オートセーブデータ「Chanqes/変化」をロードすることで、時短で節制トロフィーを獲得することが出来ます
自殺エンディング（トロフィー対象外）
- ミスティと屋上に行ったあと、ジョニーとの会話で「リスキーだがアラサカの話に賭けてみる」選択
- 続くジョニーとの会話で「このまま全てを」選択
- 続くジョニーとの会話で「薬を捨てる：それでいい」選択
隠しエンディング（トロフィー対象外）
前提条件：ローグの一連の仲間クエストをクリアすると会話の選択が出ます
- ミスティと屋上に行ったあと、ジョニーとの会話で「お前とローグに任せる」選択
- １のあと、何も操作せずに5分間待機
- その後の選択肢で「どんな作戦を考えているんだ？」選択
- その後の選択肢で「真正面から攻め込むわけね」選択
仲間クエスト（全５人）
連続するクエストを最後までクリアするとトロフィーが解除される。
🏆「保護と奉仕」リバー
ストーリー進行でエリザベス・ペラレスから連絡がきて発生
- 「権力との戦い」
- 「狩り」（時限）ランディの救出を手伝わない、または失敗すると以降のジョブが発生しなくなる
- 「川を辿って」（トロフィー）
🏆「破天荒」ケリー
仲間クエスト：ローグを全て終わらせると発生する
- 「反骨」
- 「新たな苦しみ」
- 「至上の想い」
- 「反旗を翻せ！」（時限）ジョブ終盤ケリーがコーヒーショップに誘った際、断りその場を離れると以降のジョブが発生しなくなる
- 「不協和音」
- 「首輪を解き放て」
- 「船上のカクテル」（トロフィー）
🏆「ジュディVSナイトシティ」ジュディ
メイン「二重生活」後、連絡が来る
- 「青春の光と影」
- 「過去の恋」
- 「革命の足音」
- 「双魚宮」（時限）ペントハウスの場面でマイコの提案を受け入れると以降ジュディと決別し以降のジョブが発生しない。マイコの意見に反対するような立場を取ろう
- 「ピラミッド・ソング」（トロフィー）
🏆「流民の民」パナム
メイン「戦いを生きる」後、連絡が来る
- 「嵐を乗りて」（時限）敵のキャンプに向かう際、目的地と別方向に進むと失敗に終わり以降のジョブが発生しなくなる
- 「友の力を借りて」
- 「ハイウェイの女王」（トロフィー獲得）
🏆「恋の武士道」ローグ
メイン「寄生虫」後発生
- 「銀腕の男」（時限）ジョニーの墓の選択肢で敵対的な態度を取ると以降のジョブが発生しなくなる。
- 「焼け付くような愛」（トロフィー）
🏆「Breathtaking」ジョニーの装備を全て集める（全6個）
- アビエイター（顔）：サイド「CHIPPIN'IN/銀腕の男」で自動取得
- SAMURAIジャケット（アウター）：サイド「CHIPPIN'IN/銀腕の男」で自動取得
- タンクトップ（インナー）：メイン「TYPEWORM/寄生虫」で自動取得
- パンツ（脚）「時限」：依頼「サイコファン」で取得。戻れない場所なので注意。クエストが出ない場合、周りのジョブをこなしていくとやがて出ます
- 靴：依頼「大切な家宝」で取得。クエストが出ない場合、周りのジョブをこなしていくとやがて出ます
- マロリアン アームズ3516（銃）：サイド「CHIPPIN'IN/銀腕の男」で自動取得
- ポルシェ911（車）「トロフィー対象外」：サイド「CHIPPIN'IN/銀腕の男」でグレイソンの尋問で「武器を下す：今日は運がいいな」選択